燃料電池自動車又はFC 車 (FC car) は搭載した燃料電池から水素又は改質水素を燃料とし、空気中の酸素を反応させて発電して電動機を駆動する車両である。
最初の道路を走ることの出来る燃料電池自動車(Allis-Chalmers 燃料電池トラクターを除く))は1966年にゼネラルモータースによって製造され、最初の水素自動車は1807年Francois Isaac de Rivazによって製造された。日本においては1969年、工業技術院大阪工業試験所において燃料電池自動車の試験が行われた。これは電気自動車(軽トラック)の荷台に燃料電池を載せたものだった。
燃料電池の効率は水や天然ガス、バイオマス等から水素を生成し、貯蔵の為に圧縮や液化する必要があり、利用者に運び燃料電池で電気に変換する過程に おいて損失があるために限界がある。実際に使用するまでに約25%が減る。'風力から車輪'の効率を比較した場合、風力発電の電力を水素に変換して燃料電 池自動車で使用するより電気自動車に充電する場合の方が3倍効率が良い。
車両の原動機の効率では水素の製造、貯蔵、輸送を考慮しない。圧縮水素を使用する燃料電池自動車の動力源から車輪の効率は22%で液体水素で貯蔵した場合の効率は17%である。さらに水素の製造工程で発電効率が33%から48%の火力発電による電気を使用する場合、結果的に二酸化炭素を排出する。
燃料電池自動車は燃料電池と規格により分類され、 他には固定型燃料電池の用途や可搬型燃料電池の用途の規格がある。
全ての燃料電池は電解質、正極、陰極の3つの部品で作られている。燃料電池の機能は既存の蓄電池と似ているが充電の代わりに水素を補給される。高分子固体電解質型(PEM)、ダイレクトメタノール型、リン酸型、炭酸溶融塩型、固体電解質型、再生型等、異なる種類の燃料電池がある。
2009年時点においてアメリカで使用される大半の自動車はガソリンを使用しておりアメリカ国内で排出される一酸化炭素の60%以上と温室効果ガスの約20%を排出している。 一方、水素自動車は僅かな汚染物質しか排出しない。大部分は水と熱であるが燃料電池で使用される水素が再生可能エネルギーのみによって生産された場合以外は水素の製造工程において汚染物質を発生する。